2020年5月31日、エアアジア・フィリピンは6月3日から国内線の9路線の運行を再開。国際線は7月1日までに運航が再開できるように準備を進めていると発表した。

　再開される国内線は、マニラーセブ、マニラーダバオ、マニラータクロバン、マニラーカガヤン・デ・オロ、マニラーバコルド、マニラータグビララン、クラーク ー タクロバン、クラーク ー カガヤン・デ・オロ、クラーク ー ダバオの9路線。搭乗客には、マスクの着用が義務化された。当初は、マニラ空港第1ターミナルを使用すると発表されていたが、第3ターミナルを暫定的に使用することになった。

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